O réu deste processo é o frei Francisco de Assis, padre, acusado de solicitação em 1741. O padre Francisco de Assis assistia em casa da família de Maria Antónia da Encarnação. Esta, achando que ele a tratava sempre de forma especial em relação às outras pessoas, em novembro de 1740 enviou-lhe um recado, pedindo-lhe que a confessasse. Tendo ficado satisfeita com os seus conselhos, fez de Francisco de Assis o seu confessor. Na véspera do dia de Reis de 1741, ele escreveu-lhe uma carta, à qual ela respondeu, tendo os dois começado a trocar correspondência, tratando-se por manos. As cartas vinham remetidas ao pai dela, Francisco da Silva, para disfarçar. O padre ia então passar vários dias na sua casa, seduzindo-a com beijos e abraços, convencendo-a de que tinha boas intenções e que nada daquilo era pecado. Até que, na Páscoa desse mesmo ano, os dois tiveram relações sexuais. Após a Páscoa, todavia, quando ela voltou a confessar-se, os dois tiveram um desentendimento. Ele deixou de a visitar, e Maria Antónia da Encarnação pediu-lhe que deixasse de escrever com tanta frequência, o que o ofendeu. A correspondência entre eles diminuiu, e deixaram de se ver. Na sequência disto, Maria Antónia da Encarnação confessou tudo ao pároco de S. Pedro de Óbidos, que lhe disse que fosse falar com o comissário do Santo Ofício, da paróquia de S. João. Como ela era uma rapariga recatada, que apenas saía de casa com a mãe e as irmãs para ir à igreja, e agora tinha medo de que um comportamento diferente levantasse suspeitas, pediu ao pároco de S. Pedro que enviasse a sua confissão, escrita a 7 de Julho, remetendo com ela um papelinho que o frei Francisco de Assis escrevera com o seu sangue, e ainda algumas das cartas dele que ela não queimara. As cartas PSCR1522, PSCR1523 e PSCR1524 parecem ter sido escritas antes da Páscoa de 1741, que foi a 25 de Março, pois não parece ainda haver frieza entre os dois. A carta PSCR1521 deve ter sido escrita depois da Páscoa, pois Francisco de Assis menciona os eventos que tinham ocorrido nesse dia. A carta PSCR1525 parece aludir ao desentendimento entre os dois, pelo que deve ter sido escrita entre a Páscoa e o mês de julho, quando ela o denunciou.

Depois dessa acusação, Francisco de Assis fugiu para Roma, tentando escapar à prisão. Pelo caminho, em Génova, conheceu Pedro Duarte, um jovem português que fora soldado do rei de Espanha mas fugira do seu serviço em 1744. Pediu-lhe que o acompanhasse na sua viagem a Roma, tomando-o como amante. Mas, ao regressarem a Portugal, Pedro Duarte fugiu dele e Francisco de Assis mandou-o prender, acusando-o de sodomia e fazendo diligências para o soltar apenas depois de ele prometer que não o abandonaria. Em setembro de 1745, Pedro Duarte contou tudo isto à Inquisição de Évora. Foi lançado um mandato de captura a Francisco de Assis, que por essa altura estava a morar em Elvas, onde tinha contado a outro padre que solicitava várias mulheres durante a confissão. Franscico de Assis fugiu de novo, desta vez para Lisboa, a 10 de outubro de 1745. A carta PSCR1526 deve ter sido escrita entre os dias 7 e 10 de outubro, dado que nela o autor anuncia que vai para Lisboa. Entre outros assuntos, queixa-se da ingratidão de Joaquim Carvalho, na verdade Pedro Duarte, que o denunciara.