Este processo diz respeito ao frei Fernando de Mendonça, de 30 anos idade, acusado de sodomia. O réu era natural de e morador em Lisboa, filho de Sebastião Correia da Cunha e de Dona Maria da Costa, sacerdote e religioso da Ordem da Santíssima Trindade. Tinha sido casado com Francisca Fajarda, castelhana, de quem se desquitou para seguir a vida religiosa. A 4 de novembro de 1620, Francisco Ramalho, familiar do Santo Ofício, de 56 anos de idade, casado com Catarina Dias e morador em Torres Vedras, denunciou o réu e, em companhia de André Fernandes, ourives e familiar do Santo Ofício, efetuou a prisão de Fernando de Mendonça, na quinta onde vivia o irmão deste, Gaspar da Cunha de Mendonça, em Alcobaça. O réu foi depois conduzido para Torres Vedras, onde permaneceu por alguns dias. Dois dias após a sua prisão, Francisco Ramalho fez uma visita ao réu para lhe oferecer os seus préstimos, e este pediu-lhe que entregasse uma carta para a sua mãe (PSCR0336), que estava em companhia de seu irmão Gaspar. O réu acabou por escrever mais uma carta para o seu irmão (PSCR0337), e ambas as cartas foram entregues a André Fernandes, que as entregou à mesa da Inquisição. Questionado sobre o conteúdo das cifras, o réu respondeu que eram apenas um rol com o nome das pessoas com quem tinha cometido o pecado de sodomia. No entanto, disse coisas diferentes noutras ocasiões do seu testemunho. Embora as cartas não tenham sido decifradas pela Inquisição, julga-se que o conteúdo das mesmas fosse um aviso aos envolvidos para que não se denunciassem uns aos outros. Em auto da fé de 17 de Dezembro de 1621, foi condenado a degredo para sempre para as galés, confisco de bens, privação para sempre do exercício de suas ordens de voz activa e passiva de sua religião, e penitências espirituais.