Quatro cartas foram apreendidas no espólio de Francisco Fernandes, preso pelos oficiais da alfândega de Bemposta, no rio Douro, quando este tentava atravessar para Castela na companhia da sua irmã, Ventura Fernandes, e da sua cunhada, Ana Pereira. Viajavam com uma mula e com grande quantidade de haveres pessoais, tal como indica um rol incluso no processo, o que despertou a curiosidade dos oficiais. Ao saberem que eram oriundos de Bragança, onde recentemente o Santo Ofício tinha realizado diversas detenções por judaísmo, tentaram deter Francisco Fernandes, que se pôs em fuga. Foi detido já perto do barco que fazia a travessia do Douro, enquanto ambas as mulheres, que já se encontravam na margem espanhola, retrocederam e se entregaram de livre vontade.

Das perguntas feitas pelo corregedor de Miranda, apurou-se que os pais de Francisco e Ventura Fernandes tinham sido levados de Bragança para a Inquisição de Coimbra, onde teriam falecido. O mesmo tinha sucedido ao seu irmão, Luís Cardoso, marido de Ana Pereira. Tanto as cartas como os depoimentos dos dois irmãos mostram que tinham a intenção de seguir para Coimbra, mas que, chegando a Mogadouro, para onde Ana Pereira havia sido degredada por um ano pelo juiz do fisco de Bragança, esta convenceu-os a rumar a Fermoselhe, em Castela, de onde era natural e tinha família.

O corregedor de Miranda, por considerar que o caso era do interesse do Santo Ofício, mandou-os presos para Coimbra. A parte processual lá composta inclui diversos traslados dos casos dos seus pais. Também se sabe que Francisco Fernandes foi posto a tormento. O acórdão deu-o como culpado de judaísmo, com dispensa de excomunhão por ter confessado, e confisco dos seus bens.