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João Nunes, cristão-novo, mercador em Pernambuco, foi preso pelo Santo Ofício em Salvador da Bahia em 1592 por se dizer que tinha um Cristo escondido "detrás de um servidor em que fazia suas necessidades corporais" (fl. 8v). Às testemunhas inquiridas pelo visitador do Santo Ofício (criados do mercador), fora-lhes perguntado pelos comportamentos judaizantes do amo e pelas diligências que ele teria encomendado, já preso: i) para que escondessem o produto da venda de uns escravos ("setecentos e quarenta e tantos mil réis de umas 112 peças de escravos" ‒ fl. 19v) e ii) para se saber se já tinha sido passada uma provisão do Rei para que não se confiscassem as fazendas dos cristãos-novos presos pela Inquisição (fl. 18v). O processo foi todo preparado no Brasil pelo visitador Heitor Furtado de Mendonça, contendo apenas provas materiais e notação de testemunhos. Contém muitas denúncias de judaísmo e paganismo, alegadamente praticados por vários indivíduos da zona de Pernambuco. Depois de preso, João Nunes foi levado a ferros para Lisboa à guarda do mestre da caravela São João. No final de 1593 foi libertado sob fiança, ficando obrigado a residir em Lisboa. Em 1597 foi-lhe finalmente retirada a acusação.

Outros processos relacionados na Inquisição de Lisboa sob o nome de João Nunes são os n.º 88, n.º 885, n.º1491 e n.º 12464.