En 1698 fray Apolonio de la Natividad fue acusado de herejía, sortilegio, iluso y molinista. Parte de los cargos en su contra hacían referencia a la amistad que había entablado con fray Celestino de San Nicolás y la monja Teresa de San Jerónimo, quien también había sido acusada de ilusa. El reo confesó que sufría desmayos y alucinaciones (solía ver un rayo que salía de su corazón) y que él interpretaba esto como una gracia divina, una concesión de Dios para que lo comunicara al resto de criaturas. Asimismo, explicó que desde que comenzaron estos fenómenos se encontraba mal y por este motivo fray Celestino de San Nicolás le había aconsejado que le acompañara a Nápoles a visitar a sor Teresa de San Jerónimo, considerada "maestra en el camino de la virtud". Fray Apolonio de la Natividad declaró que el verdadero seguidor de la monja era fray Celestino de San Nicolás. En su defensa argumentó, además, que todos los consejos que recibió de la religiosa estaban relacionados con las enseñanzas de Santa Teresa de Jesús, por lo que no vio nada sospechoso en ellos. Sí le extrañó que la monja y fray Celestino de San Nicolás acostumbraran a besarse, lo que este último justificaba sosteniendo que de este modo se sentía más cerca de Dios. Sin embargo, un día fray Celestino de San Nicolás le confesó los duros tormentos que padecía y sus deseos carnales. Como el malestar de fray Apolonio de la Natividad continuaba, le sugirieron ir a Roma en compañía de otro fraile llamado Salvador. Pero no llegaron a su destino porque las muestras de herejía del reo eran cada vez más evidentes y Salvador murió en el trayecto.

En el proceso se conservan varias cartas, entregadas como prueba por el fraile Justino del Santísimo Sacramento, sacerdote y religioso profeso de la Orden de las Agustinas Descalzas, cuando prestó testimonio de manera espontánea ante el Tribunal del Santo Oficio. No hay ningún dato de cómo acabaron en sus manos. Tanto el acusado como fray Celestino de San Nicolás y Teresa de San Jerónimo reconocieron su autoría. Esta incluso dijo que se habían intercambiado más misivas entre ellos, pero que las había roto o extraviado. Las cartas fueron utilizadas por el fiscal para hacer partícipes a algunos de los compañeros de fray Apolonio de la Natividad de las injurias que este vertía en su contra.

La causa fue suspendida el 14 de marzo de 1699 en el Tribunal de la Inquisición de Sicilia. Sin embargo, en mayo de ese mismo año se remitió el caso a Madrid para que fuera juzgado de nuevo. Finalmente, en 1702 fray Apolonio de la Natividad fue condenado a abjurar de vehementi en auto público de fe, a tres años de cárcel y a cinco años de destierro. Por su parte, fray Celestino de San Nicolás y Teresa de San Jerónimo fueron acusados de cómplices, siendo determinantes para ello las cartas aportadas al proceso, y quedaron pendientes de sentencia.