Francisco Xavier foi indiciado, juntamente com a sua mãe, Joaquina Maria, e com António Feliciano, num assalto à casa de João de Oliveira, guarda da cadeia da Corte, situada no pátio das Parreiras, em Lisboa, no dia 27 de dezembro de 1819. O réu foi acusado de furtar alguns bens, entre os quais uma farda do filho do guarda, que era soldado de infantaria em Peniche. Foram presos na madrugada de 28 para 29 daquele mês numa casa onde supostamente moravam, na travessa de S. Bartolomeu, cuja porta foi arrombada por um Oficial de Terreiro, Sebastião dos Paços, em presença de testemunhas, do Alcaide do Bairro do Castelo e de um escrivão. Nesta casa, foram apreendidas diversas roupas e bens, entre os quais se contava a referida farda, um livro intitulado 'Contos Arábicos' , outro intitulado 'Thezouro de Meninos' e uma caixa de pinho encarnada com fechadura sem chave, onde estavam vários papéis, anexados ao processo crime. Entre os objetos achados pelas autoridades, encontraram-se ainda materiais usados em assaltos, escondidos em diferentes partes da casa. O processo contém, para além de 8 cartas, entre as quais a CARDS0179, um desenho de 2 gazuas, de um martelo e de uma faca, uma listagem de moedas de vários países e uma relação do roubo de que tinha sido vítima João de Oliveira.

Maria Joaquina, na ausência de provas de ligação aos criminosos, foi libertada. Francisco Xavier, por seu turno, declarou-se inocente e solicitou ser solto por carta de 24 de janeiro de 1820, tendo sido ouvidas testemunhas abonatórias (moradoras na freguesia da Pena e da Encarnação, suas vizinhas), que confirmaram a sua boa conduta.