Este processo diz respeito a Manuel Mascarenhas, de alcunha "o andorinho", cristão-novo, prebendeiro ou prioste da Universidade, solteiro, natural e morador na cidade de Coimbra, filho de António Mascarenhas, mercador, e de Antónia de Carvalho. O réu foi preso em 29 de março de 1666 por suspeitas de judaísmo, tendo-lhe sido apreendidos todos os bens. Tinha vivido algum tempo no Brasil (Pernambuco), para onde foi com vinte anos, e tinha três irmãs freiras, Isabel Mascarenhas, Maria Josefa Mascarenhas e Ana das Saudades Mascarenhas, todas professas no Convento de Santa Iria da vila de Tomar. Tanto o réu como a mãe foram presos pela Inquisição de Coimbra, e as irmãs pela de Lisboa. Isabel morreu no cárcere com dezoito anos. A família do réu era muito rica e possuía, além de muitas casas e terrenos, umas peças de ouro que estavam em posse das irmãs e iriam servir para trocar por dinheiro caso estivessem ameaçados de prisão e precisassem fugir. Mascarenhas deu indicação para que as ditas peças fossem tiradas do poder das irmãs e fossem depositadas num lugar secreto para que lhes não fossem confiscadas. O ouro, juntamente com o dinheiro que possuíam, era transportado em trouxas de linho para disfarçar. O réu teria também duas dúzias de pratos de prata empenhados, sendo que uma pertencia a um fidalgo de Coimbra e a outra ao Senhor das Águas Belas, no valor de cem mil réis. Refere-se no processo, também, um negócio de milho entre o réu e um clérigo seu amigo, de nome Manuel Gomes, em que o dito clérigo recebia comissões pela compra do milho.

Segundo constou, Manuel Mascarenhas teria dito em conversa com Lourenço de Sá (bacharel em leis, morador na vila de Montemor-o-Velho) que acreditava e vivia nas leis de Moisés. Os atos de judaísmo mencionados no processo são: jejuns (às quintas-feiras, no dia grande do mês de setembro e no dia da Rainha Ester no mês de fevereiro), vestir roupa lavada à sexta-feira, guardar os sábados de trabalho, pôr torcidas novas e azeite limpo nos candeeiros, deixar de comer toucinho e só comer peixe nas noites após o jejum. Comeriam pão ázimo cozido no fogareiro e, antes de porem os lençóis lavados nas camas, punham-nos em cruz com uma tigela branca de loiça, nova, cheia de azeite e com cinco torcidas novas acesas (antes do jejum do dia grande). Uma escrava da família que testemunhou disse que costumavam bater na imagem de Cristo com uma vara de marmeleiro com o comprimento de 2 palmos e a grossura de uma pena de escrever e que logo depois faziam uma grande festa. Isto aconteceria mais na Quaresma. A sentença do réu foi a de excomunhão maior, tormentos, confiscação de todos os bens para o Fisco e para a Câmara Real e de ser tido como herege. Contudo, o réu fez várias confissões e chegou a renegar a sua religião num auto-da-fé.