Este é o segundo processo de Manuel Leitão, preso no cárcere do Santo Ofício de Lisboa em fevereiro de 1574 e transferido para a guarda da Inquisição de Évora em maio de 1577. Antes de ser preso, Manuel Leitão era guarda do Santo Ofício de Coimbra, onde, em conjunto com o notário Baltasar Fernandes e a troco de compensações, auxiliava os reclusos, transportando-lhes mensagens e dando informações sobre os seus processos. Por este facto, foi-lhe movido o seu primeiro processo, pelo qual foi preso. No presente caso, ocorrido dois anos mais tarde, Manuel Leitão mantinha correspondência com um antigo companheiro de cárcere, Álvaro Mendes, entretanto libertado. O intermediário era agora Domingos Rodrigues, guarda do colégio da doutrina da fé em Lisboa, que foi denunciar as cartas à mesa do Santo Ofício. Aí, o seu texto ia sendo copiado e concertado “verbo ad verbum” pelos notários apostólicos João Campelo e António Pires. Tornavam depois a fechar as cartas, que seguiam pela mão de Domingos Rodrigues até ao destinatário, mantendo-se ativa a linha de comunicação, sem os correspondentes suspeitarem da vigilância de que eram alvo. O diálogo assim registado durou de agosto a outubro de 1576.

Num interrogatório feito a Manuel Leitão em dezembro de 1576, este negou ter contactos com o exterior, mas, confrontado com originais escritos por si e com as cópias mencionadas, começou por confessar que o fazia para obter ajuda de Álvaro Mendes e de pessoas suas amigas, por estar em grande necessidade no cárcere. Mas acabou por escrever uma extensa confissão, ratificada em 1578, onde comprometia um vasto conjunto de pessoas.