Diogo da Horta e o seu irmão, Fernão da Horta, foram acusados de judaísmo e presos pela Inquisição de Lisboa. Diogo da Horta (Proc. IL 229) foi o primeiro a ser preso, a 05/03/1596. Da prisão escreveu duas cartas em pedaços de tecido. Contudo, António de Melo, que estava preso por se fazer passar por familiar do Santo Ofício e por "passar recados dos presos", denunciou-o entregando as cartas como prova na Mesa do Santo Ofício. De acordo com o testemunho deste denunciante, Diogo da Horta "fez os ditos panos de uma toalha da Índia que o dito Diogo da Horta tinha no seu fato e [ele, António de Melo], lhe viu fazer a tinta de vinagre e de fumo da candeia que tomava em uma telha e fez a pena de um pau de vassoura e..." coseu os ditos panos entre o forro dos calções de António de Melo.

Depois da entrega das provas à Inquisição, Fernão da Horta (proc. IL 12087) foi preso, acusado também de judaísmo. Do seu processo constam mais duas cartas, que foram entregues na Mesa do Santo Ofício pelo correio-mor em agosto de 1597. Tinha-as recebido de Duarte Gonçalves da Horta e de Filipa Gomes, seus tios, cristãos-novos, que tinham saído de Portugal e viviam em Veneza.