O réu deste processo é Manuel Guerra, que tinha parte de cristão-novo e era meirinho de serventia do judicial da vila de Trancoso, bispado de Viseu, de onde era natural e morador. O réu foi acusado de culpas de judaísmo e preso a 1 de outubro de 1663 pelo padre Estêvão Caldeira, que o entregou ao alcaide Manuel Quaresma. Manuel Guerra fora casado com Maria de Queirós, mas à data do processo, com 40 anos, era viúvo.

Este processo teve muitas testemunhas, sendo, por isso, muito extenso. Algumas delas diziam saber que o réu cria e vivia na lei de Moisés, fazia as cerimónias e os jejuns respetivos (guardavam a Páscoa do pão ázimo ("asmo") ‒ uma semana antes da Páscoa da Ressurreição, observada pelos cristãos -, e faziam o jejum do Dia Grande, estando o dia todo sem comer nem beber senão à noite, fazendo então uma ceia que não incluía carne. Como era costume nos processos de judaísmo, muitas das pessoas interrogadas encontravam-se também presas, acusadas das mesmas culpas. Quando interrogado, o réu negou tudo. Pelo inventário que se fez dos seus bens, vê-se que era abastado: tinha em diversos lugares casas, vinhas e terrenos.

A 1 de junho de 1668, em Coimbra, na casa do Oratório da Santa Inquisição, Domingas Francisca (de quem falam as cartas CARDS2128 e CARDS2129), foi interrogada pelo inquisidor Manuel Pimentel de Sousa. Disse que era solteira, filha de Pedro Francisco, lavrador, e de Isabel João, ambos defuntos. Que era natural e moradora da vila de Trancoso e que tinha 42 anos. Segundo ela, já tinha testemunhado por duas vezes, uma perante o comissário da Inquisição Francisco Soares de Albergaria, por causa de Margarida Nunes, Inês Nunes ou Leonor Rodrigues, filhas de Luís de Chaves, mercador, e outra diante do notário Estêvão Caldeira, de que era escrivão Francisco da Silveira, abade. Este seu último testemunho havia sido dado dois anos antes e dizia respeito a Manuel Guerra. Disse também que conhecia Manuel Guerra por serem ambos da mesma vila e por ele ser seu compadre, pois tinha sido padrinho de um filho dela chamado Manuel. Disse que, estando em casa de Francisco Nunes, "o Coça", da qual era lavadeira, ouviu dizer que Manuel Guerra era um mestiço e vilão ruim. E que, quando se soube da notícia da sua prisão, Miguel Nunes disse que dera um cruzado de alvíssaras por aquela notícia. Segundo a testemunha, algumas pessoas estavam raivosas pelas detenções que Manuel Guerra tinha feito, sobretudo João Nunes, a quem o réu tinha prendido os filhos (Jerónimo Nunes, Miguel Nunes e Gaspar Nunes). Domingas Francisca disse ainda que não falou mais com o réu nem o viu depois de este ser preso. Num outro depoimento, de 25 de junho de 1668, Domingas Francisca referiu que os cristãos-novos que estavam em casa de Francisco Nunes haviam dito que Manuel Guerra os andava a vigiar para os roubar porque era ladrão (as pessoas que o disseram foram Fernão da Silva, Manuel da Rocha e alguns filhos de Francisco Nunes).

A 13 de maio de 1669, o réu confessou as suas culpas e disse que havia cerca de trinta anos a sua mãe (Antónia Nunes) o tinha iniciado na crença na lei de Moisés e que nessa altura o seu pai, Francisco Guerra, já tinha falecido. Que ele, pensando que a sua mãe sabia o que era melhor para a salvação da sua alma, e que estava certa em relação à dita lei, iniciou a prática de todas as cerimónias e jejuns comuns aos judeus. Depois, pediu perdão e misericórdia, dizendo que tinha sido alumiado pelo Espírito Santo. No dia seguinte, o réu acrescentou que, dez anos antes, estando em casa com a sua filha, Maria de Queirós, solteira, com 24 anos à data da confissão, se declararam crentes na lei de Moisés. Depois nomeou mais algumas pessoas que com ele partilharam a crença na dita lei (Mateus Guterres da Fonseca, Genebra da Costa, Simão da Fonseca, Luís Guterres, Leonor Guterres, entre outros). Após confessar tudo, disse que o que tinha dito a respeito da sua crença na lei de Moisés fora por temor da morte, porque na verdade sempre fora firme fiel e católico cristão, sem ter crença na lei de Moisés nem a comunicar com pessoa alguma das que havia referido. Negou também saber que alguma das pessoas que mencionou tivesse crença na dita lei.