Rafaela de Santo António foi presa a 7 de julho de 1620, permanecendo no cárcere até 3 de abril do ano seguinte. No Santo Ofício de Coimbra foi constituído um processo contra Rafaela por culpas de judaísmo, baseado em várias denúncias, nomeadamente de Filipa de São Francisco, freira no mesmo convento e entretanto também presa. Com efeito, foi comprovado que algumas freiras praticavam o judaísmo, o que transgredia em absoluto os princípios não só da ordem que professavam, como da própria igreja católica. Rafaela alegou em tribunal não ser filha biológica de um cristão-novo, de quem a mãe enviuvara, mas im de Diogo de Sá de Meneses, "fidalgo conhecido e dos mui nobres." Efetivamente, a mãe teria conseguido esconder a sua gravidez do futuro marido, com quem já vivia. Por isso mesmo, a mãe internou-a aos quatro anos de idade no convento da Madre de Deus de Monchique de Miragaia (Porto), onde as religiosas seguiam a regra de Santa Clara (Ordem dos Frades Menores, Província de Portugal da Observância). No seu processo, encontramos várias cartas abonatórias, colhidas pela abadessa, Clara Antónia de Vilhena, e outras freiras, na tentativa de ilibar a ré das culpas que se formavam contra ela, e de zelar pelo seu bem-estar enquanto permanecesse no cárcere. É de assinalar, em particular, o testemunho redigido pela mãe da ré, em que esclarece a sua filiação. Este foi escrito em risco de morte e encaminhado por intermédio do seu padre confessor, remotando a cerca de 25-26 anos à data dos autos. Trata-se de um caso não livre de contrariedades: a abadessa, muito embora tenha redigido uma carta abonatória e feito várias diligências a favor da ré, ao chegar às contraditas e à defesa testemunhou em contrário. No final, os inquisidores chegariam à conclusão de que as culpas tinham sido originadas pela prestação de falsos testemunhos, nascidas de certas contendas de Rafaela com determinadas companheiras recolhidas na mesma casa e que ela denunciara. Foi por isso prontamente absolvida e liberta, tornando àquela instituição.