Vicente de Cuéllar fue acusado en 1689 por la Santa Inquisición de alumbrado. Esta acusación se produjo a raíz de una audiencia que solicitó el presbítero Juan de Verdesoto Pinto como descargo de su conciencia, en la cual acusó a Vicente de realizar distintas proposiciones a las monjas del convento de las Bernardas de Cuenca así como de tener un comportamiento sospechoso que se alejaba de la doctrina católica. Juan de Verdesoto fue advertido de estos hechos por el racionero de la Iglesia de la ciudad de Cuenca, Francisco de la Cámara, quien había tenido algún contacto con el acusado e incluso había intercambiado algunos papeles con él hasta que se dio cuenta que éstos podrían ser considerados como contrarios a la autoridad eclesial y rompió su relación con Vicente, así como todos los papeles que había recibido de éste. Al mismo tiempo le llegaron noticias de que el acusado realizaba “platicas espirituales” con las monjas de dicho convento a través del torno. Por todo esto, avisó a Juan de Verdesoto, confesor de una de las monjas con las que Vicente se escribía asiduamente, María Josefa de la Puente, para que averiguase sobre el asunto. María Josefa de la Puente confesó a Juan todos los papeles que había recibido de Vicente en los que le comunicaba doctrina y se los entregó. Todos los papeles fueron aportados como prueba al proceso por Juan de Verdesoto. En el interrogatorio a María Josefa de la Puente esta afirmaba que todas las misivas pertenecían al mismo año, 1689, y que comenzó a recibirlos a raíz de una visita que el acusado realizó a su convento con motivo del jueves santo. Este intercambio epistolar no duró más de dos meses. También afirmaba que tenía otros papeles que quemó ante el miedo de que alguien los leyera en los que se hablaba, igualmente, de materia espiritual. También son interrogadas otras monjas del mismo convento con las que Vicente de Cuéllar intercambió algunas cartas que fueron, de la misma forma, aportadas al proceso, estas son Manuela de Barrios y Andrea de Villarreal. Finalmente, se realizó un interrogatorio a la abadesa del convento, María Ana de Otonel, que dice que el acusado era sordo y que por este motivo escribía tanto a las hermanas del convento para poderles hacer llegar sus consejos espirituales. Todas las monjas afirmaban, tanto en sus confesiones como a los distintos testigos que compadecen ante el Tribunal, que los escritos de Vicente de Cuéllar les ocasionaban ciertos escrúpulos e intranquilidad. El proceso original contiene más cartas, así como otros escritos de Vicente de Cuéllar, pero se ha realizado una selección para su transcripción pues el contenido de las mismas es muy similar. FALTA SABER SI EL ACUSADO FUE CONDENADO O NO. En la carta hay una anotación manuscrita de otra mano (probablemente de algún miembro del Tribunal): "En las proposiciones rayadas comminatorias en el modo da a entender el contenido conocimientos sobrenaturales, y siendolo son sospechosos como vestidos de propia pasión. Y asi son por lo menos imprudencia escandalosa y descrédito de la virtud verdadera".