Este processo diz respeito a Duarte da Cunha, preso a 9 de junho de 1627, acusado de perturbar o reto ministério do Santo Ofício. Duarte da Cunha andaria a extorquir com três cartas falsas, fazendo-se passar por filho de um familiar do Santo Ofício de Monção. O réu foi preso quando, indo a casa de Diogo Fernandes (cristão-velho, de 55 anos) durante a noite, lhe mostrou as tais cartas. Diogo Fernandes desconfiou das suas intenções e mandou-o prender, primeiro no tronco, depois no Limoeiro. Em depoimento à Inquisição, Diogo Fernandes disse que, após ter retido o réu, este pediu que o deixasse ir, tendo depois fingido estar a passar mal. Tentou também esconder os papéis que levava numa esteira da sua casa. Vendo que o primeiro estratagema não resultara e que continuaria preso, puxou de uma faca e ameaçou matar-se, mas Diogo Fernandes, com a ajuda de um alfaiate vizinho, Salvador Jorge, conseguiu tirar-lhe a faca das mãos e mantê-lo preso até à chegada do corregedor Luís de Góis de Matos e de um familiar do Santo Ofício, Francisco Luís.

O familiar Francisco Luís depôs ter ouvido o réu dizer que se tinha metido em tal confusão por necessidade. Por sua vez, em confissão, o réu disse que ficou muito amigo de Rui de Brito (jovem de 25 anos, boa estatura, branco e louro, com sinal preto debaixo do bigode, cabelos compridos e louros, um pouco gago, natural de Lisboa, que vivia em casa de um cunhado na entrada da Rua das Arcas, em Lisboa) e que um dia lhe disse que era casado e pobre e que não sabia como se livrar dos seus crimes (uma vez que o réu já tinha sido preso outras vezes). Foi então que Rui de Brito teve a ideia de usar o mandado assinado pelo Doutor Luís Álvares da Rocha (deputado do Santo Ofício) que o réu tinha em seu poder, do tempo em que tinha sido escrevente de Diogo Noronha (escrivão do Conservatório da Ordem de Malta), para forjar outros papéis e tentar fazer negócio com eles. O réu defendeu-se dizendo que não sabia ler e que não sabia o que os papéis continham porque os não tinha visto. No entanto, Rui de Brito nunca foi achado, e não ficou provado que este morasse no endereço fornecido pelo réu, pelo que se supôs que o réu tinha sido o único autor de toda a trama.

As cartas PSCR0318 e PSCR0319 que se encontram no processo foram achadas pelo alcaide Estevão da Costa entre umas roupas e um barril de água que foram enviados ao réu depois de este estar já preso no Limoeiro.

Francisco Meirinho de Miranda, testemunha, de 30 anos, disse que uma vizinha sua (provavelmente Isabel da Cunha, mãe do réu), viúva, magra, de cabelo comprido, que vestia manto e bordão e que saía sozinha todos os dias de manhã voltando apenas à hora do jantar, certo dia lhe pediu que lesse dois escritos dizendo serem muito importantes. Ao ler os ditos escritos, viu que um deles estava cifrado (PSCR0318) e que nada conseguia ler dele e que, no outro, se pedia para meter quatro homens quando o alcaide abrisse a porta, ou que se enviassem facas ou limas e 'coiradas' para poder limar as grades de uma janela e tentar a fuga da prisão. Vendo isto, Francisco Meirinho de Miranda logo se assustou, mas não falou porque a viúva o ameaçou dizendo que tinha parentes e que não dissesse nada a ninguém.

Em auto-da-fé de 3 de setembro de 1629, o réu foi sentenciado a ser açoitado publicamente, a pagamento de custas e a cinco anos de degredo para as galés.