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Há três cartas da autoria de Francisco Rodrigues, embora assinadas com o nome João de Morais, que se encontram no processo de Custódio de Carvalho, sacerdote, coadjutor da Igreja dos Mártires de Lisboa, homem com parte de cristão-novo. Custódio de Carvalho era tio de um cunhado de Francisco Rodrigues, Bento Dias. No início de 1594, Francisco Rodrigues andou fugido à Inquisição, escondendo-se durante umas semanas em casa de Custódio de Carvalho e embarcando de seguida para fora do Reino. Nos finais de 1594, encontrava-se em Sevilha, de onde enviou a correspondência aqui em causa. Custódio de Carvalho, que entretanto fora denunciado por ter ajudado Francisco Rodrigues a esconder-se e a fugir, entregou as três cartas na Mesa do Santo Ofício a 22 de dezembro de 1594, afirmando que lhe tinham sido entregues por um correio de pé, e que vários indícios o tinham levado a "suspeitar" que, embora assinadas com outro nome, eram da autoria de Francisco Rodrigues.