Processo de Francisco Fernandes, cristão-novo, de alcunha "o Cavalheiriço", sapateiro, natural e morador do lugar de Duas Igrejas, termo da cidade de Miranda do Douro. O réu foi preso a 12 de janeiro de 1646. Segundo algumas testemunhas, o réu ter-se-á envolvido em várias discussões com outros sujeitos, tanto fora como dentro da cadeia, nas quais se ofendiam e, sendo chamado de judeu, frequentemente respondia que a Lei de Moisés era melhor do que a lei cristã; faria também os rituais judeus (roupa lavada, jejum, etc.) e teria ajudado uma cristã-nova sua cunhada, Maria Lopes Cardosa, a esconder-se quando era procurada com um mandado de prisão. Uma testemunha, Bartolomeu Peres, disse concretamente que foi a casa de Francisco Fernandes e que o réu o chamou à parte e lhe disse que tinha lá ido um soldado para lhe prender a cunhada, mas que ele a tinha escondido num palheiro, pelo que estaria segura. Segundo, essa testemunha. Nessa mesma noite, a filha de Francisco Fernandes, Maria Henriques, tirou-a de lá com a ajuda do próprio Bartolomeu Peres e levou-a para o lugar de Freixiosa, mas antes de lá chegar encontrou o irmão, João Pires, e entregou aos seus cuidados a dita mulher para que este a protegesse e ajudasse a fugir durante quatro dias.

Em confissão, o réu tentou negar todas as acusações que lhe foram feitas. Disse que, por medo de ser preso injustamente, fugiu para o Reino de Castela com outras pessoas da sua terra, mas que depois voltou, como muitos outros também. O réu foi posto a tormento para dizer a verdade, mas como na casa do tormento continuou a dizer que não tinha nada para confessar, logo foram chamados os ministros, os guardas e o cirurgião para que fizessem o seu trabalho. O réu foi despido; depois, mandaram que se sentasse num banquinho e ataram-no. O Notário avisou-o de que, se perdesse a vida, quebrasse algum membro ou perdesse algum sentido, a culpa era dele, réu, e não dos inquisidores, porque ele próprio, com tanto atrevimento, se sujeitava a tal perigo. Foi-lhe então dado um "trato experto", e, depois disso, o réu quis confessar. Disse então que ele e a sua mulher, em tempos, acreditaram na lei de Moisés, e que com a cunhada, a referida Maria Lopes Cardosa, celebraram cerimónias e jejuaram nos dias respetivos. Disse também que a sua crença na Lei de Moisés durou cerca de quatro anos, mas já se tinham passado quase trinta depois disso. Segundo o réu, só se terá iniciado nessa religião por causa da mulher e respetivos parentes, que lhe garantiram a sua salvação.

O réu foi considerado convicto no crime de heresia e apostasia, herege, judeu e apóstata da fé católica, falso e simulado confitente, afirmativo e impenitente, pelo que recebeu a sentença de excomunhão maior, confiscação de bens para o Fisco e Câmara Real e mais penas em direito contra semelhante estabelecidas.